En nuestro periscopio de 6 noviembre de 2023 nos hacíamos eco de la admisión a trámite por parte del Tribunal Supremo del recurso de casación preparado contra la Sentencia dictada el 14 de noviembre de 2022 por la Sección segunda de la Sala de lo Contencioso- Administrativo de la Audiencia Nacional, en relación con el cambio de criterio derivado de un conjunto de Sentencias la Audiencia Nacional (AN) publicadas a finales del 2022 que modificaban la posición que la propia AN venía manteniendo sólo un año antes al respecto de si los gastos por actividades de innovación tecnológica (IT) consistentes en el desarrollo de aplicaciones informáticas generan derecho al incentivo de la deducción fiscal que recoge la Ley del Impuesto sobre Sociedades.
El Tribunal Supremo apreció que los recursos de casación presentados contra las Sentencias de la AN tenían interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia respecto de las siguientes cuestiones:
- Determinar si, en virtud de un informe emitido por el Equipo de Apoyo Informático (EAI) -dependencia interna de la propia Agencia Tributaria (AEAT), a través de la Delegación Central de Grandes Contribuyentes-, la Administración tributaria puede considerar que los gastos derivados de la realización de actividades que tengan por objeto el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de innovación tecnológica en la cuota íntegra del impuesto sobre sociedades, aun cuando se trate de proyectos calificados como de tal innovación tecnológica por el Ministerio competente en materia de ciencia, en virtud de dictamen vinculante.
- Dilucidar el alcance que puede tener, para negar absolutamente toda deducción por innovación tecnológica, el hecho de que tal calificación ya viene dada, de modo vinculante, por la propia Administración del Estado en cuyo seno se integra la AEAT y, en concreto, la unidad informática mencionada.
- En relación con las preguntas anteriores, determinar si cabe enervar el valor probatorio del dictamen vinculante del Ministerio referido, al margen de su efectivo alcance y efectos, mediante un documento interno de sus propios funcionarios que no ha sido presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso y no ha sido sometido a contradicción de las partes en ese mismo proceso.
Pues bien, el Tribunal Supremo ha dictado sentencias en relación con tres de los recursos de casación, en las que se establece que los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación (MCIN) sobre la deducción fiscal por innovación tecnológica son vinculantes para la Administración Tributaria (AEAT). Esta sentencia anula las decisiones previas de la Audiencia Nacional que respaldaban los informes del Equipo de Apoyo Informático de la AEAT, los cuales contradecían los dictámenes del Ministerio de Ciencia e Innovación.
Puntos clave a tener en consideración:
Carácter Vinculante del Informe del MCIN:
Según el artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004, los informes del MCIN son vinculantes para la AEAT en todos sus aspectos, incluyendo la calificación de los proyectos como innovación tecnológica y los gastos e inversiones evaluados positivamente.
Imposibilidad de Rebatir el Informe Vinculante:
La AEAT no puede ignorar ni rebatir estos informes mediante documentos internos, como los del EAI, que no han sido presentados como prueba pericial ni sometidos a contradicción en el proceso judicial.
Neutralización del Valor Probatorio:
El Tribunal Supremo determina que la AEAT no puede neutralizar el valor probatorio del informe del MCIN mediante auto pruebas internas, ya que esto elimina el carácter vinculante del informe.
Falta de Independencia del EAI:
El EAI no es un órgano independiente de la AEAT y sus funcionarios no poseen la independencia o autonomía funcional necesaria para contradecir un informe vinculante del MCIN.
Reconocimiento del Derecho a la Deducción Fiscal:
Las sentencias del Tribunal Supremo reconocen a las sociedades recurrentes el derecho a la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica declarada en sus autoliquidaciones, anulando las liquidaciones que negaron dicha deducción.
En conclusión, el Tribunal Supremo ha reafirmado la obligatoriedad para la AEAT de respetar los informes del MCIN sobre deducciones fiscales por innovación tecnológica, invalidando cualquier intento de la Administración de contradecir estos informes mediante documentos internos no independientes.
Esta decisión debería proporcionar seguridad jurídica a las empresas que buscan aplicar deducciones fiscales por investigación y desarrollo e innovación tecnológica, garantizando que los informes del MCIN sean respetados en su totalidad.
No obstante, dado que el Tribunal Supremo se ha pronunciado sobre deducciones de ejercicios fiscales a los que aplicaba la normativa del TRLIS, la cual, en lo que respecta a la regulación de los informes motivados presenta determinados matices diferenciales respecto de la vigente Ley del Impuesto sobre Sociedades (Ley 27/2014), habrá que esperar a analizar en detalle la argumentación jurídica de las sentencias, una vez que se publiquen, para poder concluir los efectos que las mismas pudiesen tener sobre los ejercicios fiscales iniciados a partir del 1 de enero de 2015.