El Tribunal de Justicia de la Unión Europea confirma la anulación de la Tercera Decisión de la Comisión sobre el Fondo de Comercio Financiero

27 de junio de 2025

Adal Salamanca

Socio del área de Procedimientos Tributarios de PwC Tax & Legal

+34 915 684 649

Alfonso Santander

Abogado especialista en Litigación Tributaria en PwC Tax & Legal

+34915684400

El Tribunal de Justicia de la Unión Europea (TJUE) ha dictado una sentencia clave el 26 de junio de 2025 que podría poner fin a la “saga” judicial del régimen fiscal español que permitía a las empresas amortizar el fondo de comercio financiero derivado de la adquisición de participaciones en sociedades extranjeras. Este régimen, regulado en el artículo 12.5 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS), fue objeto de tres decisiones de la Comisión Europea, que lo calificó como ayuda de Estado incompatible con el mercado interior y ordenó su recuperación, salvo para ciertas adquisiciones realizadas antes de fechas concretas, en protección de la confianza legítima de los contribuyentes.

Con anterioridad, el TJUE había confirmado la validez de las dos primeras decisiones de la Comisión que declararon a este régimen como ayuda de Estado respecto a adquisiciones de empresas dentro de la UE (Primera Decisión) y fuera de la UE (Segunda Decisión).

La Tercera Decisión vino motivada por el hecho de que, en el año 2012, la Dirección General de Tributos modificó la interpretación administrativa del régimen para incluir no solo las adquisiciones directas de participaciones en sociedades extranjeras, sino también las adquisiciones indirectas (a través de holdings). La Comisión consideró que esta nueva interpretación suponía una “nueva ayuda” y ordenó su recuperación, lo que fue recurrido por el Reino de España y varias grandes empresas españolas.

En primera instancia, la sentencia del Tribunal General de 27 de septiembre de 2023 dio la razón a los recurrentes y ordenó la anulación de la Tercera Decisión. Apreció el Tribunal General que las dos Decisiones iniciales ya abarcaban las adquisiciones directas e indirectas, por lo que habiendo sido aquellas confirmadas por el TJUE no podían ser revocadas por la Comisión. Apuntó además el Tribunal General que, en cualquier caso, la Comisión no podía en su Tercera Decisión denegar la confianza legítima a los beneficiarios del régimen de ayudas, que ya había reconocido en sus dos primeras decisiones.

Conclusiones del Tribunal

El TJUE ha confirmado la anulación de la Tercera Decisión por el Tribunal General, alcanzando las siguientes conclusiones:

  • Alcance de las decisiones previas: Las dos primeras decisiones de la Comisión (tanto para adquisiciones dentro como fuera de la UE) ya incluían expresamente tanto las adquisiciones directas como las indirectas. Por tanto, su contenido no puede ser revocado mediante una Tercera Decisión.
  • Principio de seguridad jurídica: El TJUE subraya que las decisiones de la Comisión deben ser claras, precisas y previsibles, de modo que los contribuyentes puedan conocer con certeza sus derechos y obligaciones. Esto implica que una decisión de la Comisión que ordena la recuperación de ayudas debe indicar de manera inequívoca qué ayudas deben recuperarse y en qué condiciones, evitando cualquier ambigüedad que pueda generar inseguridad o indefensión para los afectados.
  • Principio de Confianza Legitima: La confianza legítima que la Comisión reconoció en las mismas resulta aplicable tanto a las adquisiciones directas como a las adquisiciones indirectas. Así, el TJUE protege a las empresas que, de buena fe y conforme a la normativa y la interpretación vigente en su momento, aplicaron la amortización fiscal en adquisiciones indirectas, impidiendo que se les exija la devolución de los beneficios fiscales obtenidos si cumplían los requisitos y fechas establecidos en las decisiones originales.

Efectos de la sentencia

Esta sentencia supone una victoria para la seguridad jurídica y tiene un importante efecto práctico para todas las empresas que realizaron adquisiciones de empresas o grupos empresariales a través de sociedades holding. En la práctica, significa que las empresas que aplicaron la amortización del fondo de comercio generado en este tipo de adquisiciones, siempre que cumplieran los requisitos y fechas establecidos en las dos primeras decisiones, no sólo no tendrán que devolver los beneficios fiscales obtenidos, sino que podrán seguir aplicando esta amortización anual, con una relevante reducción de su carga tributaria.

Desde el punto de vista jurídico, el TJUE ha reafirmado que la confianza legítima y la seguridad jurídica son pilares fundamentales del Derecho de la Unión, especialmente en materia tributaria y de ayudas de Estado.

Para que la “saga” concluya definitivamente ya sólo queda conocer cuál será el desenlace de los recursos internos sobre la posibilidad de aplicar este régimen en adquisiciones indirectas, posibilidad respecto a la que ya se pronunciaron a favor la Dirección General de Tributos y el TEAC pero sobre la que la última palabra queda en manos del Tribunal Supremo.

Alertas Relacionadas